初期設定だと,1つのプロジェクト内で複数シーンを作って,それぞれで別名のapkファイルを作成してビルドをしても,Unityでは同一のアプリ名でかつ1つしかインストールされない.

Edit > Project Settings
Playerをクリックし,以下の内容を書き換える.こうすることで,1つのプロジェクトから複数のアプリを出力できる.